La gestion des déchets issus des chantiers de désamiantage est un élément essentiel, de part la rigueur exigée par la traçabilité des évacuations vers les centres de traitement et la responsabilité de la maîtrise d'ouvrage vis à vis de ses déchets. Le conditionnement, le chargement, le transport et le traitement des déchets obéissent à des réglementations et des procédures strictes, et sont soumis au contrôle d'un conseiller à la sécurité pour le transport des matières dangereuses.

Les déchets amiantés peuvent être dirigés vers plusieurs filières d'élimination, selon leur nature :
- les déchets amiantés non friables et intègres tels que les plaques de fibrociment peuvent être évacués vers certains centres d'enfouissement de classe 3 aménagés ou vers un CET (centre d'enfouisement technique) de classe 2,
- les déchets amiantés friables (ou non friables dégradés) ainsi que tous les consommables et EPI contaminés sont évacués vers un CET de classe 1,
- l'ensemble des déchets amiantés générés par un chantier de désamiantage, fraibles ou non, peuvent également être évacués vers le centre de vitrification INERTAM pour revalorisation.